近年の主な問題として、上越新幹線大清水トンネルが工事された際、泉脈の50m下をトンネルが通た事により、源泉枯れや湯量減少が發生した。その後補償として日本鐵道建設公團により新規源泉のボーリング開發が行われた。
2004年に發生した温泉僞裝問題では、温泉表記をしながら水道水を利用していた温泉が存在すると報じられた。また、一部旅館では温泉のみ徴收可能な入浴税も取っていたとして問題となった。水上驛前に廢虚化したホテル大宮があり、地元民は頭を惱ませているという。他にも廢虚化したホテルがいくつもあり昔の賑わっていた頃の温泉街とは風景が變わりすぎてしまった。
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